فیلم مردان سیاه پوش از آن جایی شروع شد که مأمور جی(ویل اسمیت) در بالاترین رتبه کاری قرار گرفته وتقربا به صورت تنها کارها را انجام می‌دهد ومامور کی (تامی لی جونز ) بازنشسته شده اما مأمور جی تصمیم می‌گیرد تا برای مقابله با سرلنا دوباره کی را به کار باز گرداند وحافظه او را ترمیم کند. سرلنا به مرکز مردان سیاهپوش حمله کرده وآنجا را در اختیار گرفته با این حال کی و جی تصمیم به حمله به مرکز وباز پس‌گیری آن از سرلنا وافرادش میگیرند وموفق می‌شوند که افراد سرلنا را شکست دهند با این حال مأمور کی هشدار می‌دهد باید مانع از خروج روشنایی خاص از زمین شد پس تصمیم میگیرند تا سرلنا را تعقیب کنند تا مانع از عملیات او شوند وکرم بزرگ درون مترو هم عاملی بر سر راه آن‌ها می‌باشد وموفق می‌شوند جلوی سرلنا را بگیرند حالا آن‌ها میخواهند تا لورا را به فضا بفرستند تا با فرستادن او به این مأموریت پایان دهند وبتوانندنور مخصوص را از زمین خارج کنند.