داستان فیلم سینمایی آباجان در مورد زندگی یک خانواده زنجانی در سال‌های میانی جنگ است و حوادث پیش‌آمده برای آنها در این بازه بدون اتکا به خط داستانی مشخص به نمایش درمی‌آید. فاطمه معتمد آریا که در نقش مادر خانواده ظاهر شده است تقریباً اصلی‌ترین شخصیت فیلم است و در اکثر صحنه‌ها حضور دارد. رفت‌ و آمدهای دخترها و دامادهای خانواده به خانهٔ آباجان باعث وقوع حوادثی می‌شود که عناصر داستانی فیلم را ایجاد می‌کنند ضمن اینکه بخشی از این رویدادها در بستر جنگ قابل تعریف هستند و می‌توان فیلم را روایتگر مشکلات خانواده‌ای دانست که همزمان با بحران‌های خانوادگی و بحران‌های ناشی از جنگ مواجه می‌شوند.

فیلم آباجان با خطر مرگ پدر خانواده شروع می‌شود . کمی بعد درگیری با دختر خانواده یک بحران دیگر ایجاد می‌کند و پسر کوچکی تریاک خرده تا دم مرگ می‌رود . کشف اعلامیه‌ هایی ظاهرا ضد حکومت اعضای خانواده را به خطر می‌اندازد و دختر خانواده از خانه فرار می‌کند . پسر مفقود شده آباجان در تلویزیون نشان داده می‌شود و مدرسهٔ نوهٔ آباجان توسط جت‌ های دشمن بمباران می‌شود و داستان های هیجان انگیز دیگری که در فیلم نشان داده می شود صورت می گیرد.